ธเนศ วงศ์ยานนาวาเกิดเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2500 มีชื่อเล่นว่า ตู่ เป็นบุตรของสมชาย วงศ์ยานนาวาและเนลลี่ เตมี บิดาของธเนศเป็นคนไทยเชื้อสายจีนมีแซ่เดิมว่าแซ่เหลี่ยงประกอบอาชีพเป็นผู้รับเหมาก่อสร้าง ส่วนมารดาเป็นลูกครึ่งเชื้อสายสิงคโปร์และอินโดนีเซีย ซึ่งธเนศเป็นบุตรคนกลางจากพี่น้อง 3 คน โดยพี่สาวของธเนศได้เสียชีวิตด้วยโรคตับในวัยทารกและน้องชายชื่อ ธนา วงศ์ยานนาวา ซึ่งมีอายุห่างจากธเนศ 9 ปี[1]

ธเนศเข้าศึกษาในระดับอนุบาลที่โรงเรียนสมถวิล ระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษาที่โรงเรียนอัสสัมชัญ โดยเลือกเรียนสายวิทย์-คณิต ซึ่งในตอนแรกนั้นธเนศคิดและตัดสินใจเรียนต่อสายพาณิชย์ แต่เมื่อพ่ออยากให้เรียนสูงๆ ธเนศจึงตกลงใจสอบเข้าเรียนสายวิทย์ แล้วก็ย้ายมาเรียนศิลป์-คณิต ระดับชั้นมัธยมปลายในปีสุดท้าย และเขาเป็นรุ่นพี่ใกล้ ๆ กับไชยันต์ ไชยพร[2] เมื่อใกล้จบชั้นมัธยมปลาย ธเนศตั้งใจจะเรียนต่อมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญจึงไม่สนใจการเตรียมตัวเอนทรานซ์ และเขาก็สอบติดมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญตามที่หวังไว้ ช่วงชีวิตของเด็กม.6 สิ่งหนึ่งที่ทุกคนต้องทำนั่นก็คือเอนทรานซ์ ธเนศก็เป็นเหมือนเด็กทั่วๆไปที่ต้องเลือกเอนทรานซ์ตามวิถีของเด็กม.6 แต่ที่แปลกมากคือเขาตัดสินใจเลือกจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย 5 อันดับรวด ด้วยเหตุผลง่ายๆ คือ ชอบดูหนัง ซึ่งแถบสยามมีแหล่งท่องเที่ยวที่เหมาะสมกับความชอบ โดยอยู่ใกล้ที่เที่ยวและที่กินมากกว่ามหาวิทยาลัยอื่นในสมัยนั้น [3] จนผลเอนทรานซ์ปรากฏว่าเขาสอบติดในสาขาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา คณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เขายังกล่าวอีกว่าที่เขาสอบติดเพราะความ "ฟลุ้ค" เนื่องจากสมัยที่ธเนศเรียนที่โรงเรียน ไม่ค่อยสนใจการเรียนมากนัก เขามักโดดเรียนไปกินเที่ยว อยู่เป็นประจำ จนมีผลการเรียนวิชาเคมี เพียง 6 คะแนนจาก 100 คะแนน และวิชาภาษาไทยเพียง 3 คะแนนเท่านั้น และเช่นเดียวกันในสมัยที่เขาเรียนที่รัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เขาก็ยังคงกินๆเที่ยวๆเป็นกิจวัตรตามเดิม แต่ในที่สุดธเนศก็จบโดยได้รับปริญญาเกียรตินิยมอันดับสอง B.A.(Second-class Honors), Sociology and Anthropology, Chulalongkorn University

ภายหลังจบการศึกษาธเนศได้เข้าทำงานที่สถาบันวิจัยสังคม จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และเข้าศึกษาระดับปริญญาโทที่คณะสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์แต่ได้เลิกเรียนกลางคัน ซึ่งเขาให้เหตุผลว่า "ไม่ชอบอาจารย์ที่สอน" การที่เขาเลิกเรียนกลางคันนั้นทำให้เขาใช้ชีวิตล่องลอย และเป็นสาเหตุที่ทำให้พ่อและแม่ของเขาทะเลาะกัน ดังนั้นพ่อของเขาจึงส่งเขาให้ไปเรืยนที่ประเทศสหรัฐอเมริกา เขาจึงได้เข้าศึกษาระดับปริญญาโทสาขาสังคมวิทยาที่มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน แมดิสัน ประเทศสหรัฐอเมริกา M.S. (Sociology), University of Wisconsin Madison, U.S.A. โดยหัวข้อวิทยานิพนธ์ของเขาคือ "Grumsci Historism" เมื่อจบการศึกษาธเนศได้กลับมายังประเทศไทยเพื่อสมัครเป็นอาจารย์มหาวิทยาลัยที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นที่แรก แต่โดนปฏิเสธโดยทางมหาวิทยา22ลัยให้เหตุผลว่าเพราะเขามารยาทไม่ดี ไม่ทักทายสวัสดีผู้ใหญ่ตามขนบธรรมเนียมไทย ต่อมาเขาก็ได้สมัครเป็นอาจารย์ จนได้รับการบรรจุเป็นอาจารย์สาขาวิชาการเมืองการปกครอง คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นเวลา 5 ปี ก่อนจะเดินไปศึกษาต่อระดับปริญญาเอกสาขาทฤษฎีการเมืองและสังคมที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ ซึ่งเขาให้เหตุผลว่า "เรียนตามแฟน" โดยในตอนแรกนั้นเขาได้รับทุนที่มหาวิทยาลัยฮาวาร์ด แต่เขาเลือกที่จะไม่ไปเพราะแฟนเขาไม่ได้ทุนนั้น สุดท้ายแล้วเขาก็เรียนที่อังกฤษส่วนแฟนไปเรียนที่อเมริกาแทนที่จะเป็นตามที่ตกลงกัน โดยเขาให้เหตุผลว่า "การอยู่ด้วยกัน (ตัวติดกัน) ทำให้เบื่อหน่ายกันเร็ว" หลังจากได้ศึกษาในปริญญาเอกก็เกิดปัญหาการทำวิทยานิพนธ์ หัวข้อวิทยานิพนธ์ของเขาคือ "Talking Foucault Comically" ซึ่งวิทยานิพนธ์ชิ้นนี้ไม่ได้เป็นวิชาการในแบบใดแบบหนึ่ง ไม่ว่าจะรัฐศาสตร์ หรือสังคมศาสตร์ อันเนื่องมาจากเขาพบว่าแนวคิดของตัวเองไม่ได้จำกัดเฉพาะทางสังคมศาสตร์หรือรัฐศาสตร์ ซึ่งยิ่งทำให้เขารู้ว่าตัวเองเป็นนักคิดที่ไม่ได้จำกัดกรอบใด พูดให้ถึงที่สุดก็คือเขามีความเป็นสหวิทยาการ (Interdisciplinary) อันเป็นความคับแคบและข้อจำกัดของระบบการศึกษาที่ไม่ให้คิดข้ามกรอบในสาขาที่ตนเองศึกษาอยู่และมหาวิทยาลัยแคมบริดจ์นั้นก็เป็นมหาวิทยาลัยอนุรักษ์นิยมจนเกินไป สุดท้ายวิทยานิพนธ์ปริญญาเอกของเขาไม่ได้รับการพิจารณาให้สอบป้องกันดุษฎีนิพนธ์ เพราะเหล่าอาจารย์เห็นว่าไม่ตรงสาขาวิชาใด เพราะเป็นสหวิทยาการ มีการตั้งคณะกรรมการสอบสวนและต้องการให้แก้ไขให้ตรงกับสาขา ทำให้ธเนศสำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาโทแทน M.Phil (Social & Political Theory), University of Cambridge, England[1] ธเนศได้กลับมาสอนที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์จนเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2560

คุณูปการของธเนศ วงศ์ยานนาวา คือการกล้าสอนในสิ่งที่คนอื่นเลี่ยงไม่พูด สอนให้ศิษย์ตรวจสอบรากความเชื่อ ด้วยเหตุผลง่ายๆ ว่าโลกไม่ได้มีเพียงมิติเดียว ทุกคนต่างกัน และทุกสิ่งมีที่มาโดยไม่อาจพิจารณาแยกส่วน เขามักชำแหละเรื่องราวที่สอนอย่างถึงลูกถึงคน หยิบเม็ดฝุ่นจนกระทั่งผืนจักรวาลมาเชื่อมแบบสหวิทยาการได้อย่างน่าสนใจ และการถ่ายทอดข้อมูลต่างๆ อย่างจัดจ้านทำให้เขากลายเป็นนักวิชาการสายป๊อปที่มีคนแห่แหนไปฟังเสวนาจนล้นสถานที่จัดอยู่เสมอ และการวางตัวที่เป็นมิตร เข้าถึงง่าย ผูกสัมพันธ์กับเพื่อนทั้งรุ่นเดียวกันและต่างรุ่นได้ดี ทำให้เพื่อนนักวิชาการหลายคนมองว่าเขาเป็นหนึ่งในตัวละครที่มีสีสันที่สุดในแวดวงวิชาการไทยร่วมสมัย